La población de flamingos en el archipiélago de Galápagos, que actualmente ronda los 500 individuos, se encuentra en «condición crítica» y enfrenta serias amenazas debido al cambio climático y las especies invasoras. Según Arturo Izurieta, director del Parque Nacional Galápagos (PNG), la población de estas aves ha experimentado una disminución continua durante los últimos 10 a 12 años.

Aunque no está considerada en peligro de extinción en la lista de la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN), en Ecuador, especialmente en Galápagos, se ha clasificado como una especie crítica. Izurieta estimó que hoy en día hay alrededor de 250 parejas de flamingos dispersas por varias lagunas salobres en las islas Isabela, Floreana, Rábida, Santa Cruz, Santiago y otros islotes cercanos.

Entre los factores que influyen en su disminución se destaca el cambio climático, que altera las mareas, lo que podría inundar sitios de anidación y reducir la tasa de supervivencia de los huevos y polluelos. Además, las especies invasoras como los cerdos, gatos y perros representan una amenaza directa a los pichones y huevos.

A pesar de la situación crítica, las probabilidades de extinción inmediata son bajas, ya que históricamente los flamingos en Galápagos han sido una población reducida. Sin embargo, el monitoreo y las investigaciones continúan para entender mejor su desplazamiento y preservar su hábitat.

En años recientes, especialmente después de una campaña exitosa de erradicación de roedores en la isla Rábida en 2012, se ha observado una recuperación parcial de la población. De hecho, en 2022, se registró la anidación de flamingos en una laguna de Rábida, 20 años después de que no se tuviera noticias de su presencia en esa zona.

Los flamingos en Galápagos se dividen en dos tipos: el flamingo chileno y una subespecie endémica más pequeña, que se encuentra principalmente en la isla Isabela. Esta última subespecie tiene una coloración rosada en el cuello y patas y alcanza una vida estimada de hasta 30 años, comenzando su proceso de anidación alrededor de los cinco años.